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    GPMAW 简介

    GPMAW-Windows的常规蛋白质/ Windows质量分析

     

    顾名思义,GPMAW是用于分析蛋白质一级结构的程序,尤其是使用质谱分析的程序。

    GPMAW程序主要用作蛋白质和肽段质谱分析的工具。 但是,还包括许多其他生物信息学工具,因此该程序的使用远远超出了简单的质量分析范围。

     

    该程序可在Windows 2000以后的所有32位版本的Windows上运行(即2000XPVistaWin7)。 它也可以在当前的64位版本上运行,但尚未在此平台上经过全面测试。 它也可以在带有Windows模拟器的Mac系统上运行,但是不能保证完全兼容。

    ms / ms搜索外,该程序不需要强大的处理器或快速硬盘,就可以在任何系统上运行。 运行ms / ms搜索,您需要一个具有SVGA +分辨率的屏幕,您甚至可以在上网本上运行它。

     

    主要内容

    GPMAW程序围绕几个主要主题构建:

     

    蛋白质序列管理:从多种来源读取和导入蛋白质序列。修改序列(交联,化学修饰等)并将序列保存到本地文件中以方便检索。可以以各种方式查看和着色序列以方便导航。

     

    蛋白质裂解:通过以下方式将蛋白质裂解成特定的肽

    酶或化学手段。从得到的肽列表中可以计算出大量参数,并且可以以各种方式查看,分类和显示该列表。

     

    质量搜索:给定一个肽的质量,可以在给定的蛋白质中找到它。该问题可以扩展为搜索修饰,离子类型等。

    数据库质量搜索:给定一系列源自单个或几种蛋白质的肽质量的清单,它源自什么蛋白质?在搜索和分析结果时都可以指定大量选项。您也可以在数据库中搜索给定质量的蛋白质。

     

    毫秒搜索:使用外部搜索引擎(XTandem!),您可以搜索使用.mgf.pkl格式的ms / ms片段列表的序列或数据库。

     

    多种功能:许多对蛋白质分析有帮助的功能,但与以上人群没有直接关系。这包括诸如组成搜索,电荷与pH值图,点图分析,BLAST搜索,ClustalW多序列比对等功能。